Jurusan TKJ merupakan jurusan yang menekuni sekitar merakit komputer dan juga laptop, belajar sistem operasi, pemahaman dan juga praktik jaringan dasar, belajar menyinggung seputar sistem kerja jaringan dan juga meng-administrasi komputer server.

Jurusan Farmasi adalah jurusan yang mempelajari segala hal tentang obat. Mulai dari bahan kimia yang ada di dalamnya, proses pembuatan obat, proses pengemasan obat, fungsi dan kegunaan obat, sampai cara distribusi dan pengelolaan stok obat. Singkatnya, segala hal tentang obat akan dipelajari di sini.

Jurusan asisten keperawatan merupakan program yang bertujuan untuk Mempersiapkan tenaga Perawat kesehatan yang mampu bekerja mandiri, terampil dan professional di bidang pelayanan dasar keperawatan khususnya pemenuhan kebutuhan dasar manusia.

Kompetensi Keahlian Geologi Pertambangan merupakan kompetensi keahlian yang mempelajari dan mengembangkan pengetahuan berkaitan dengan kebumian baik di atas maupun di bawah permukaan bumi seperti, bentuk muka bumi, material penyusun bumi, jenis batuan, bentuk batuan, proses pembentukannya dan sejarah bumi.

Paket Keahlian ini di SMKN 3 Merauke, yakni berdiri Tahun Ajaran 2000. Paket Keahlian Teknik Audio Video sendiri lebih memfokuskan pembelajaran kepada reparasi/perbaikan produk dan troubleshooting elektronika analog maupun Digital. Dan juga pemograman yang berbasis kendali dan Mikrokontroller. 

Jurusan Teknik Instalasi Pemanfaatan Tenaga Listrik mendidik peserta didik dengan keahlian dan ketrampilan dalam Perencanaan dan Pemasangan Instalasi Penerangan dan Tenaga; Pemasangan dan pengoperasian motor listrik dengan kendali Elektromekanik, Elektronik dan PLC (Programable Logic Controller);

Secara umum Desain Permodelan dan Informasi Bangunan (DPIB) mempelajari ilmu tentang gambar konstruksi bangunan, konstruksi bangunan, gambar konstruksi menggunakan aplikasi perangkat lunak komputer baik 2D maupun 3D, desain interior dan eksterior, konstruksi jalan dan jembatan, menghitung RAB, laporan pembangunan, dll.

Siswa-siswi yang memilih Konpetensi Keahlian Bisnis Konstruksi dan Properti akan mempelajari dan mempraktekkan ilmu dan keahlian seputar perencanaan, pembuatan berbagai konstruksi serta aspek-aspek yang berkaitan dengannya.

Teknik permesinan adalah suatu jurusan yang mempelajari cara memproduksi barang-barang teknik dengan menggunakan berbagai macam mesin. Teknik Permesinan merupakan suatu jurusan yang mendorong siswa untuk memiliki keahlian dalam mengoperasikan, menyeting, serta menentukan ukuran mesin-mesin produksi.

Tujuan Kompetensi Keahlian Teknik Pengelasan secara umum mengacu pada isi Undang Undang Sistem Pendidikan Nasional (UU SPN) pasal 3 mengenai Tujuan Pendidikan Nasional dan penjelasan pasal 15 yang menyebutkan bahwa pendidikan kejuruan merupakan pendidikan menengah yang mencetak tenaga ahli profesional dalam bidang Teknik Pengelasan yang berbasis komputer yang berorientasi pada kebutuhan dunia usaha.

Teknik dan Bisnis Sepeda Motor adalah kompetensi keahlian pada Bidang Studi Keahlian Teknologi dan Rekayasa Program Studi Keahlian Teknik Otomotif yang menekankan pada keterampilan pelayanan jasa mekanik kendaraan sepeda motor roda dua.

Teknik Kendaraan Ringan adalah ilmu yang mempelajari tentang alat-alat transportasi darat yang menggunakan mesin, terutama mobil yang mulai berkembang sebagai cabang ilmu seiring dengan diciptakannya mesin mobil.